Le présent article dresse un état des lieux des sciences participatives dans le domaine de l’eau en interrogeant la manière dont ces nouvelles pratiques de production de savoirs participent du renouvellement de l’expertise et des savoirs considérés comme légitimes dans le domaine de l’eau et des milieux aquatiques. Les auteurs s’appuient sur différents corpus empiriques : une analyse de la littérature grise française faisant l’état des sciences participatives, une analyse bibliométrique de la littérature scientifique à l’échelle mondiale et enfin, différentes expériences de recherche participative dans des contextes d’expertise sur les milieux aquatiques très contrastés : la France et la Côte d’Ivoire. Cette diversité de matériaux nous permet de discuter plus généralement de la contribution des sciences participatives à la reformulation des fondements épistémologiques de la relation entre science, savoirs experts et acteurs de la société. Nous interrogeons la contribution des différentes formes de sciences participatives que nous avons recensées et analysées à la redéfinition du couple scientifique-citoyen, tant dans le domaine de la production des connaissances et des expertises que dans celui de la gouvernance des milieux aquatiques.